Análisis a gran escala de interacciones entre proteínas de membrana empleando el ensayo de las split-ubiquitin en la levadura saccharomyces cerevisiae

Resumen

La organización de proteínas en complejos proteicos es esencial para llevar a cabo las funciones celulares de manera coordinada. El estudio de interacciones entre proteínas no solo amplía información sobre el funcionamiento de proteínas ya conocidas sino que además también permite identificar el papel celular de proteínas de función desconocida. En la actualidad existen gran cantidad de métodos y técnicas para analizar interacciones entre proteínas solubles, por el contrario, la metodología para el estudio de las interacciones entre proteínas de membrana está menos desarrollada. Entre los métodos de análisis de interacciones proteicas para proteínas de membrana está el método del tipo cebo-presa de la Split-ubiquitin o SU que no necesita la solubilización de las proteínas en análisis lo que permite su localización en la membrana donde tienen una conformación similar a la nativa. En el trabajo recogido en la memoria de tesis se utiliza el método de la SU adaptado a gran escala para analizar de forma sistemática la interacción de un grupo de 173 proteínas cebo con 413 proteínas presa. El grupo de proteínas seleccionadas pertenece a la planta fanerógama Arabidopsis thaliana y está enriquecido en proteínas con dominios transmembrana que llevan a cabo funciones relacionadas con el transporte de sustancias a través de membrana o con la recepción de estímulos. Los resultados obtenidos revelan la existencia de 1453 interacciones positivas, siendo en su mayoría interacciones no descritas con anterioridad A. thaliana y que suponen una contribución al interactoma de esta planta. Además de aportar información sobre un gran número de interacciones entre proteínas cuyo significado biológico no es posible interpretar en este momento debido al gran desconocimiento que se tiene sobre función de las proteínas de membrana en plantas, este estudio la permitido proponer relaciones físicas y funcionales entre proteínas pertenecientes a la familia de las acuaporinas, de los transportadores de nitratos, de las permeasas de purinas, de los canales iónicos, de los transportadores de cationes monovalentes, de las proteínas transportadoras de aminoácidos y de los receptores de membrana de tipo MLO.