Análisis de secuencias NBS-LRR en el género lens

Resum

La lenteja (Lens culinaris Medik.) forma parte de las leguminosas grano y su principal uso es el consumo humano de la semilla debido a su gran aporte calórico. También es una fuente de hierro, proteínas, fibra y antioxidantes. Muchos factores pueden afectar al crecimiento y desarrollo de este cultivo, produciendo grandes pérdidas económicas. Dichos factores pueden ser abióticos, como la temperatura y otras condiciones climáticas, o las condiciones del suelo, pero también pueden ser bióticos, como los patógenos y las plagas. La mayor parte de los genes R conocidos pertenecen a la familia NBS-LRR, que tienen un subdominio central de unión a nucleótidos o NBS, que a su vez forma parte de un dominio mayor llamado NB-ARC y que tiene una serie de motivos conservados característicos, un dominio C-terminal rico en repeticiones de leucina o LRR y un dominio N-terminal que determina la subfamilia a la que corresponde la secuencia NBS-LRR. Para ello se han amplificado mediante PCR y aislado secuencias NBS-LRR de las seis especies o subespecies del género Lens Miller, tanto cultivada como silvestres, y de dos variedades distintas de la especie cultivada, Lupa e ILL5588, usando 14 combinaciones de cebadores degenerados basados en motivos conservados de secuencias conocidas y cebadores no degenerados diseñados a partir de secuencias de otras especies vegetales. Para analizar las relaciones filogenéticas de las secuencias obtenidas en este estudio con secuencias de lenteja obtenidas anteriormente y con secuencias NBS-LRR de las especies Medicago truncatula, Glycine max y Phaseolus vulgaris se realizó una búsqueda de secuencias en la base de datos Phytozome v10.2 y para Cicer arietinum en los datos del GeneBank del NCBI. Finalmente para hacer una estimación de la cobertura sobre el número de secuencias NBS-LRR presentes en el genoma de Lens y su tipo se ha realizado un estudio comparativo entre las secuencias obtenidas en la especie cultivada L. culinaris subespecie culinaris con las secuencias descritas en Medicago truncatula obtenidas en la base de datos Medicago truncatula versión 3.5. Con esto se puede comprobar que para los grupos NT-1 y NT-2 los números de secuencias son similares en ambas especies, pero que la mayoría de los otros grupos muestra un número significativamente mayor de secuencias en Medicago, lo que indica que posiblemente no se han encontrado todas las secuencias NBS-LRR de Lens.