An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome

Dunham, I.; Kundaje, A.; Aldred, S.F.; Collins, P.J.; Davis, C.A.; Doyle, F.; Epstein, C.B.; Frietze, S.; Harrow, J.; Kaul, R.; Khatun, J.; Lajoie, B.R.; Landt, S.G.; Lee, B.-K.; Pauli, F.; Rosenbloom, K.R.; Sabo, P.; Safi, A.; Sanyal, A.; Shoresh, N.; Simon, J.M.; Song, L.; Trinklein, N.D.; Altshuler, R.C.; Birney, E.; Brown, J.B.; Cheng, C.; Djebali, S.; Dong, X.; Ernst, J.; Furey, T.S.; Gerstein, M.; Giardine, B.; Greven, M.; Hardison, R.C.; Harris, R.S.; Herrero, J.; Hoffman, M.M.; Iyer, S.; Kellis, M.; Kheradpour, P.; Lassmann, T.; Li, Q.; Lin, X.; Marinov, G.K.; Merkel, A.; Mortazavi, A.; Parker, S.C.J.; Reddy, T.E.; Rozowsky, J.; Schlesinger, F.; Thurman, R.E.; Wang, J.; Ward, L.D.; Whitfield, T.W.; Wilder, S.P.; Wu, W.; Xi, H.S.; Yip, K.Y.; Zhuang, J.; Bernstein, B.E.; Green, E.D.; Gunter, C.; Snyder, M.; Pazin, M.J.; Lowdon, R.F.; Dillon, L.A.L.; Adams, L.B.; Kelly, C.J.; Zhang, J.; Wexler, J.R.; Good, P.J.; Feingold, E.A.; Crawford, G.E.; Dekker, J.; Elnitski, L.; Farnham, P.J.; Giddings, M.C.; Gingeras, T.R.; Guigó, R.; Hubbard, T.J.; Kent, W.J.; Lieb, J.D.; Margulies, E.H.; Myers, R.M.; Stamatoyannopoulos, J.A.; Tenenbaum, S.A.; Weng, Z.; White, K.P.; Wold, B.; Yu, Y.; Wrobel, J.; Risk, B.A.; Gunawardena, H.P.; Kuiper, H.C.; Maier, C.W.; Xie, L.; Chen, X.; Mikkelsen, T.S.; Gillespie, S.; Goren, A.; Ram, O.; Zhang, X.; Wang, L.; Issner, R.; Coyne, M.J.; Durham, T.; Ku, M.; Truong, T.; Eaton, M.L.; Dobin, A.; Tanzer, A.; Lagarde, J.; Lin, W.; Xue, C.; Williams, B.A.; Zaleski, C.; Röder, M.; Kokocinski, F.; Abdelhamid, R.F.; Alioto, T.; Antoshechkin, I.; Baer, M.T.; Batut, P.; Bell, I.; Bell, K.; Chakrabortty, S.; Chrast, J.; Curado, J.; Derrien, T.; Drenkow, J.; Dumais, E.; Dumais, J.; Duttagupta, R.; Fastuca, M.; Fejes-Toth, K.; Ferreira, P.; Foissac, S.; Fullwood, M.J.; Gao, H.; Gonzalez, D.; Gordon, A.; Howald, C.; Jha, S.; Johnson, R.; Kapranov, P.; King, B.; Kingswood, C.; Li, G.; Luo, O.J.; Park, E.; Preall, J.B.; Presaud, K.; Ribeca, P.; Robyr, D.; Ruan, X.; Sammeth, M.; Sandhu, K.S.; Schaeffer, L.; See, L.-H.; Shahab, A.; Skancke, J.; Suzuki, A.M.; Takahashi, H.; Tilgner, H.; Trout, D.; Walters, N.; Wang, H.; Hayashizaki, Y.; Reymond, A.; Antonarakis, S.E.; Hannon, G.J.; Ruan, Y.; Carninci, P.; Sloan, C.A.; Learned, K.; Malladi, V.S.; Wong, M.C.; Barber, G.P.; Cline, M.S.; Dreszer, T.R.; Heitner, S.G.; Karolchik, D.; Kirkup, V.M.; Meyer, L.R.; Long, J.C.; Maddren, M.; Raney, B.J.; Grasfeder, L.L.; Giresi, P.G.; Battenhouse, A.; Sheffield, N.C.; Showers, K.A.; London, D.; Bhinge, A.A.; Shestak, C.; Schaner, M.R.; Kim, S.K.; Zhang, Z.Z.; Mieczkowski, P.A.; Mieczkowska, J.O.; Liu, Z.; McDaniell, R.M.; Ni, Y.; Rashid, N.U.; Kim, M.J.; Adar, S.; Zhang, Z.; Wang, T.; Winter, D.; Keefe, D.; Iyer, V.R.; Zheng, M.; Wang, P.; Gertz, J.; Vielmetter, J.; Partridge, E.C.; Varley, K.E.; Gasper, C.; Bansal, A.; Pepke, S.; Jain, P.; Amrhein, H.; Bowling, K.M.; Anaya, M.; Cross, M.K.; Muratet, M.A.; Newberry, K.M.; McCue, K.; Nesmith, A.S.; Fisher-Aylor, K.I.; Pusey, B.; DeSalvo, G.; Parker, S.L.; Balasubramanian, S.; Davis, N.S.; Meadows, S.K.; Eggleston, T.; Newberry, J.S.; Levy, S.E.; Absher, D.M.; Wong, W.H.; Blow, M.J.; Visel, A.; Pennachio, L.A.; Petrykowska, H.M.; Abyzov, A.; Aken, B.; Barrell, D.; Barson, G.; Berry, A.; Bignell, A.; Boychenko, V.; Bussotti, G.; Davidson, C.; Despacio-Reyes, G.; Diekhans, M.; Ezkurdia, I.; Frankish, A.; Gilbert, J.; Gonzalez, J.M.; Griffiths, E.; Harte, R.; Hendrix, D.A.; Hunt, T.; Jungreis, I.; Kay, M.; Khurana, E.; Leng, J.; Lin, M.F.; Loveland, J.; Lu, Z.; Manthravadi, D.; Mariotti, M.; Mudge, J.; Mukherjee, G.; Notredame, C.; Pei, B.; Rodriguez, J.M.; Saunders, G.; Sboner, A.; Searle, S.; Sisu, C.; Snow, C.; Steward, C.; Tapanari, E.; Tress, M.L.; Van Baren, M.J.; Washietl, S.; Wilming, L.; Zadissa, A.; Zhang, Z.; Brent, M.; Haussler, D.; Valencia, A.; Addleman, N.; Alexander, R.P.; Auerbach, R.K.; Balasubramanian, S.; Bettinger, K.; Bhardwaj, N.; Boyle, A.P.; Cao, A.R.; Cayting, P.; Charos, A.; Cheng, Y.; Eastman, C.; Euskirchen, G.; Fleming, J.D.; Grubert, F.; Habegger, L.; Hariharan, M.; Harmanci, A.; Iyengar, S.; Jin, V.X.; Karczewski, K.J.; Kasowski, M.; Lacroute, P.; Lam, H.; Lamarre-Vincent, N.; Lian, J.; Lindahl-Allen, M.; Min, R.; Miotto, B.; Monahan, H.; Moqtaderi, Z.; Mu, X.J.; O'Geen, H.; Ouyang, Z.; Patacsil, D.; Raha, D.; Ramirez, L.; Reed, B.; Shi, M.; Slifer, T.; Witt, H.; Wu, L.; Xu, X.; Yan, K.-K.; Yang, X.; Struhl, K.; Weissman, S.M.; Penalva, L.O.; Karmakar, S.; Bhanvadia, R.R.; Choudhury, A.; Domanus, M.; Ma, L.; Moran, J.; Victorsen, A.; Auer, T.; Centanin, L.; Eichenlaub, M.; Gruhl, F.; Heermann, S.; Hoeckendorf, B.; Inoue, D.; Kellner, T.; Kirchmaier, S.; Mueller, C.; Reinhardt, R.; Schertel, L.; Schneider, S.; Sinn, R.; Wittbrodt, B.; Wittbrodt, J.; Jain, G.; Balasundaram, G.; Bates, D.L.; Byron, R.; Canfield, T.K.; Diegel, M.J.; Dunn, D.; Ebersol, A.K.; Frum, T.; Garg, K.; Gist, E.; Hansen, R.S.; Boatman, L.; Haugen, E.; Humbert, R.; Johnson, A.K.; Johnson, E.M.; Kutyavin, T.V.; Lee, K.; Lotakis, D.; Maurano, M.T.; Neph, S.J.; Neri, F.V.; Nguyen, E.D.; Qu, H.; Reynolds, A.P.; Roach, V.; Rynes, E.; Sanchez, M.E.; Sandstrom, R.S.; Shafer, A.O.; Stergachis, A.B.; Thomas, S.; Vernot, B.; Vierstra, J.; Vong, S.; Wang, H.; Weaver, M.A.; Yan, Y.; Zhang, M.; Akey, J.M.; Bender, M.; Dorschner, M.O.; Groudine, M.; MacCoss, M.J.; Navas, P.; Stamatoyannopoulos, G.; Beal, K.; Brazma, A.; Flicek, P.; Johnson, N.; Lukk, M.; Luscombe, N.M.; Sobral, D.; Vaquerizas, J.M.; Batzoglou, S.; Sidow, A.; Hussami, N.; Kyriazopoulou-Panagiotopoulou, S.; Libbrecht, M.W.; Schaub, M.A.; Miller, W.; Bickel, P.J.; Banfai, B.; Boley, N.P.; Huang, H.; Li, J.J.; Noble, W.S.; Bilmes, J.A.; Buske, O.J.; Sahu, A.D.; Kharchenko, P.V.; Park, P.J.; Baker, D.; Taylor, J.; Lochovsky, L.

doi:10.1038/NATURE11247

An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome

Dunham, I.
Kundaje, A.
Aldred, S.F.
Collins, P.J.
Davis, C.A.
Doyle, F.
Epstein, C.B.
Frietze, S.
Harrow, J.
Kaul, R.
Khatun, J.
Lajoie, B.R.
Landt, S.G.
Lee, B.-K.
Pauli, F.
Rosenbloom, K.R.
Sabo, P.
Safi, A.
Sanyal, A.
Shoresh, N.
Simon, J.M.
Song, L.
Trinklein, N.D.
Altshuler, R.C.
Birney, E.
Brown, J.B.
Cheng, C.
Djebali, S.
Dong, X.
Ernst, J.
Furey, T.S.
Gerstein, M.
Giardine, B.
Greven, M.
Hardison, R.C.
Harris, R.S.
Herrero, J.
Hoffman, M.M.
Iyer, S.
Kellis, M.
Kheradpour, P.
Lassmann, T.
Li, Q.
Lin, X.
Marinov, G.K.
Merkel, A.
Mortazavi, A.
Parker, S.C.J.
Reddy, T.E.
Rozowsky, J.
Schlesinger, F.
Thurman, R.E.
Wang, J.
Ward, L.D.
Whitfield, T.W.
Wilder, S.P.
Wu, W.
Xi, H.S.
Yip, K.Y.
Zhuang, J.
Bernstein, B.E.
Green, E.D.
Gunter, C.
Snyder, M.
Pazin, M.J.
Lowdon, R.F.
Dillon, L.A.L.
Adams, L.B.
Kelly, C.J.
Zhang, J.
Wexler, J.R.
Good, P.J.
Feingold, E.A.
Crawford, G.E.
Dekker, J.
Elnitski, L.
Farnham, P.J.
Giddings, M.C.
Gingeras, T.R.
Guigó, R.
Hubbard, T.J.
Kent, W.J.
Lieb, J.D.
Margulies, E.H.
Myers, R.M.
Stamatoyannopoulos, J.A.
Tenenbaum, S.A.
Weng, Z.
White, K.P.
Wold, B.
Yu, Y.
Wrobel, J.
Risk, B.A.
Gunawardena, H.P.
Kuiper, H.C.
Maier, C.W.
Xie, L.
Chen, X.
Mikkelsen, T.S.
Gillespie, S.
Goren, A.
Ram, O.
Zhang, X.
Wang, L.
Issner, R.
Coyne, M.J.
Durham, T.
Ku, M.
Truong, T.
Eaton, M.L.
Dobin, A.
Tanzer, A.
Lagarde, J.
Lin, W.
Xue, C.
Williams, B.A.
Zaleski, C.
Röder, M.
Kokocinski, F.
Abdelhamid, R.F.
Alioto, T.
Antoshechkin, I.
Baer, M.T.
Batut, P.
Bell, I.
Bell, K.
Chakrabortty, S.
Chrast, J.
Curado, J.
Derrien, T.
Drenkow, J.
Dumais, E.
Dumais, J.
Duttagupta, R.
Fastuca, M.
Fejes-Toth, K.
Ferreira, P.
Foissac, S.
Fullwood, M.J.
Gao, H.
Gonzalez, D.
Gordon, A.
Howald, C.
Jha, S.
Johnson, R.
Kapranov, P.
King, B.
Kingswood, C.
Li, G.
Luo, O.J.
Park, E.
Preall, J.B.
Presaud, K.
Ribeca, P.
Robyr, D.
Ruan, X.
Sammeth, M.
Sandhu, K.S.
Schaeffer, L.
See, L.-H.
Shahab, A.
Skancke, J.
Suzuki, A.M.
Takahashi, H.
Tilgner, H.
Trout, D.
Walters, N.
Wang, H.
Hayashizaki, Y.
Reymond, A.
Antonarakis, S.E.
Hannon, G.J.
Ruan, Y.
Carninci, P.
Sloan, C.A.
Learned, K.
Malladi, V.S.
Wong, M.C.
Barber, G.P.
Cline, M.S.
Dreszer, T.R.
Heitner, S.G.
Karolchik, D.
Kirkup, V.M.
Meyer, L.R.
Long, J.C.
Maddren, M.
Raney, B.J.
Grasfeder, L.L.
Giresi, P.G.
Battenhouse, A.
Sheffield, N.C.
Showers, K.A.
London, D.
Bhinge, A.A.
Shestak, C.
Schaner, M.R.
Kim, S.K.
Zhang, Z.Z.
Mieczkowski, P.A.
Mieczkowska, J.O.
Liu, Z.
McDaniell, R.M.
Ni, Y.
Rashid, N.U.
Kim, M.J.
Adar, S.
Zhang, Z.
Wang, T.
Winter, D.
Keefe, D.
Iyer, V.R.
Zheng, M.
Wang, P.
Gertz, J.
Vielmetter, J.
Partridge, E.C.
Varley, K.E.
Gasper, C.
Bansal, A.
Pepke, S.
Jain, P.
Amrhein, H.
Bowling, K.M.
Anaya, M.
Cross, M.K.
Muratet, M.A.
Newberry, K.M.
McCue, K.
Nesmith, A.S.
Fisher-Aylor, K.I.
Pusey, B.
DeSalvo, G.
Parker, S.L.
Balasubramanian, S.
Davis, N.S.
Meadows, S.K.
Eggleston, T.
Newberry, J.S.
Levy, S.E.
Absher, D.M.
Wong, W.H.
Blow, M.J.
Visel, A.
Pennachio, L.A.
Petrykowska, H.M.
Abyzov, A.
Aken, B.
Barrell, D.
Barson, G.
Berry, A.
Bignell, A.
Boychenko, V.
Bussotti, G.
Davidson, C.
Despacio-Reyes, G.
Diekhans, M.
Ezkurdia, I.
Frankish, A.
Gilbert, J.
Gonzalez, J.M.
Griffiths, E.
Harte, R.
Hendrix, D.A.
Hunt, T.
Jungreis, I.
Kay, M.
Khurana, E.
Leng, J.
Lin, M.F.
Loveland, J.
Lu, Z.
Manthravadi, D.
Mariotti, M.
Mudge, J.
Mukherjee, G.
Notredame, C.
Pei, B.
Rodriguez, J.M.
Saunders, G.
Sboner, A.
Searle, S.
Sisu, C.
Snow, C.
Steward, C.
Tapanari, E.
Tress, M.L.
Van Baren, M.J.
Washietl, S.
Wilming, L.
Zadissa, A.
Zhang, Z.
Brent, M.
Haussler, D.
Valencia, A.
Addleman, N.
Alexander, R.P.
Auerbach, R.K.
Balasubramanian, S.
Bettinger, K.
Bhardwaj, N.
Boyle, A.P.
Cao, A.R.
Cayting, P.
Charos, A.
Cheng, Y.
Eastman, C.
Euskirchen, G.
Fleming, J.D.
Grubert, F.
Habegger, L.
Hariharan, M.
Harmanci, A.
Iyengar, S.
Jin, V.X.
Karczewski, K.J.
Kasowski, M.
Lacroute, P.
Lam, H.
Lamarre-Vincent, N.
Lian, J.
Lindahl-Allen, M.
Min, R.
Miotto, B.
Monahan, H.
Moqtaderi, Z.
Mu, X.J.
O'Geen, H.
Ouyang, Z.
Patacsil, D.
Raha, D.
Ramirez, L.
Reed, B.
Shi, M.
Slifer, T.
Witt, H.
Wu, L.
Xu, X.
Yan, K.-K.
Yang, X.
Struhl, K.
Weissman, S.M.
Penalva, L.O.
Karmakar, S.
Bhanvadia, R.R.
Choudhury, A.
Domanus, M.
Ma, L.
Moran, J.
Victorsen, A.
Auer, T.
Centanin, L.
Eichenlaub, M.
Gruhl, F.
Heermann, S.
Hoeckendorf, B.
Inoue, D.
Kellner, T.
Kirchmaier, S.
Mueller, C.
Reinhardt, R.
Schertel, L.
Schneider, S.
Sinn, R.
Wittbrodt, B.
Wittbrodt, J.
Jain, G.
Balasundaram, G.
Bates, D.L.
Byron, R.
Canfield, T.K.
Diegel, M.J.
Dunn, D.
Ebersol, A.K.
Frum, T.
Garg, K.
Gist, E.
Hansen, R.S.
Boatman, L.
Haugen, E.
Humbert, R.
Johnson, A.K.
Johnson, E.M.
Kutyavin, T.V.
Lee, K.
Lotakis, D.
Maurano, M.T.
Neph, S.J.
Neri, F.V.
Nguyen, E.D.
Qu, H.
Reynolds, A.P.
Roach, V.
Rynes, E.
Sanchez, M.E.
Sandstrom, R.S.
Shafer, A.O.
Stergachis, A.B.
Thomas, S.
Vernot, B.
Vierstra, J.
Vong, S.
Wang, H.
Weaver, M.A.
Yan, Y.
Zhang, M.
Akey, J.M.
Bender, M.
Dorschner, M.O.
Groudine, M.
MacCoss, M.J.
Navas, P.
Stamatoyannopoulos, G.
Beal, K.
Brazma, A.
Flicek, P.
Johnson, N.
Lukk, M.
Luscombe, N.M.
Sobral, D.
Vaquerizas, J.M.
Batzoglou, S.
Sidow, A.
Hussami, N.
Kyriazopoulou-Panagiotopoulou, S.
Libbrecht, M.W.
Schaub, M.A.
Miller, W.
Bickel, P.J.
Banfai, B.
Boley, N.P.
Huang, H.
Li, J.J.
Noble, W.S.
Bilmes, J.A.
Buske, O.J.
Sahu, A.D.
Kharchenko, P.V.
Park, P.J.
Baker, D.
Taylor, J.
Lochovsky, L.
Show all authors +

Journal:

Nature

ISSN: 1476-4687, 0028-0836

Year of publication: 2012

Volume: 489

Issue: 7414

Pages: 57-74

Type: Article

DOI: 10.1038/NATURE11247 GOOGLE SCHOLAR Open access editor