Determinación del microbioma intestinal en pacientes con infección por Clostridioides difficile adquirida en unidad de cuidados intensivos y comunidad

Resumen

Clostridioides difficile (CD), es considerada como la principal causa de diarrea asociada al uso de antibióticos, la cual se asocia a una desregulación de la microbiota intestinal del hospedero, que afecta a los diferentes componentes de la microbiota, siendo el bacteriano el más ampliamente estudioado. Sin embargo, otros grupos de organismos, cómo virus y eucariotas, se han descrito como miembros fundamentales dentro del ecosistema intestinal, e incluso se destaca la función de loci clínicamente importantes, especialmente aquellos asociados con resistencia a antibióticos. A pesar de la gran relevancia de los miembros de la microbiota intestinal sobre la homeóstasis de dicho ecosistema, poco se conoce sobre su papel en el ámbito de la ICD, así como la influencia del lugar de adquisición de la diarrea sobre la composición (diversidad y abundancia) del microbioma, en especial en el contexto de las enfermedades inflamatorias intestinales. Por estas razones, este estudio se dirigió a determinar la composición del microbioma intestinal de pacientes con diarrea asociada a la ICD, adquirida en Unidad de Cuidados Intensivos (UCI) y en comunidad, a través de la implementación de técnicas de secuenciación de alto rendimiento. Para esto, se seleccionaron 98 muestras de ADN provenientes de pacientes con diarrea adquirida en comunidad y a nivel intrahospitalario, tanto positivos como negativos para ICD, las cuales fueron sometidas a secuenciación de marcador único ARNr-16S y -18S. Posteriormente, se seleccionaron 48 muestras de este grupo inicial y fueron sometidas a secuenciación metagenómica. Inicialmente, se observaron cambios en la composición de la microbiota asociada a los grupos de pacientes con diarrea adquirida a nivel intrahospitalario (HCFO/+, HCFO/-) caracterizada por la disminución de microorganismos benéficos, sugiriendo la importancia del lugar de adquisición de la infección sobre la modulación del ecosistema intestinal. Así mismo, se observaron interacciones entre los diferentes miembros de la microbiota intestinal. La secuenciación metagenómica permitió evidenciar un grupo de 51 especies diferencialmente abundantes entre los grupos, con una reducción en los genes implicados en el metabolismo del butirato en los grupos de pacientes con diarrea adquirida a nivel intrahospitalario. Finalmente, se observaron microorganismos productores de acetato y butirato característicos para cada uno de los grupos, con diferencias marcadas tanto en sus abundancias como en sus perfiles de resistencia. Se destaca, además, el papel de los microorganismos asociados al metabolismo del butirato sobre el ecosistema intestinal en el ámbito de la ICD. Por su parte, el estudio de la microbiota de las garrapatas se ha convertido en una herramienta de gran utilidad en la vigilancia y control de las enfermedades transmitidas por garrapatas, las cuales se encuentran ampliamente distribuidas en el continente europeo, siendo un problema de salud pública, con especial énfasis en España, donde regiones como Castilla y León han presentado unas tendencias al aumento en las poblaciones de garrapatas así como en los reportes de picaduras. Por lo anterior, empleando el esquema de análisis para secuenciación profunda de marcador único generado en los apartados anteriores se realizó la descripción de 29 ejemplares de 5 especies de garrapatas duras recolectadas en dicha región encontrando diferencias en la composición taxonómica así como en las correlaciones entre los miembros de su microbiota, siendo este el primer estudio piloto realizado en dicho territorio